הרב הנזיר זצ"ל היה שותף מלא בהקמת ישיבת 'מרכז הרב' ובחיבור תוכנית הלימודים שלה וכך הוא כותב בזכרונותיו: "מגמותי בבואי לארץ הקודש, למרן הרב, היתה הקמת ישיבה מרכזית, בתוכנית לימודים כוללת ומקיפה, שתכליתה תחיית רוח הנבואה בישראל ובארץ ישראל, בהשפעתו הסגולית של מרן הרב.
בעלותי אל הרב, והצעתי לפניו מגמת הקמת הישיבה הגדולה, ולהתחיל בהכנות, אמר לי לערוך “תוכנית לימודים” בשביל הישיבה.
למרות תנאי חיי הקשים והמצומצמים בבית המדרש, באין דבר נאה המרחיב דעתו של אדם, ובחוסר השראה, התאמצתי וארשום רשימת תוכנית, הצעה כללית, ותוכנית לימודים מפורטת, בכל מקצועות התורה, תנ”ך ומדרשי הלכה, ומדרשי אגדה, מבוא המשנה והתלמוד, לימוד התלמוד והפוסקים הלכה ברורה וברור הלכה שיטת המשפט התלמודי, שימוש מדעי הטבע לתלמוד, הפילוסופיא הדתית העברית לתקופותיה, החכמה הפנימית העברית, לתקופותיה, ושיטת חכמת הקודש.
באחד מערבי חנוכה עליתי והגשתי למרן הרב את רשימת תכנית הלימודים המבוקשה בשביל הישיבה הגדולה. הרב עיין ברשימותי עיון מתון וממושך, מתחילתה עד סופה, ובשאלי את חוות דעת הרב, ויען ויאמר, אילו הייתי אני מחבר תוכנית היתה גם כן כמותה. רק בפילוסופיא האשכנזית של רמ”ד, וביחוד רנ”ק, פקפק. (משנת הנזיר עמ’ מט)
תיאור מאלף על הקמת הישיבה כתב הרב הנזיר ביומניו: (מתוך הספר: “משנת הנזיר”)
פתק בכתב יד קודשו של הרב הנזיר זצ"ל הקורא לתמיכה בישיבת "מרכז הרב"
“הנני יוצא מנדר שתיקתי, למען ישיבתנו המרכזית הקד’ מרכז הרב, בירושלים עיה”ק, מיסודו ומשאת נפשו של מרן הגאון הקדוש, רבן של ישראל זיע”א, שנתרבה גבולה בתלמידים מצויינים ונעלים, השוקדים על התורה יומם ולילה, והחדורים אהבת ארץ ישראל וקדשיה,ומהם יצאו מאורים, רבנים, רמי”ם, ומחנכים,
בישיבות המתחדשות בישוב החדש, להאדרת תורת ארץ ישראל ותחית הקודש במדינתנו המתחדשת, כימי עולם ושנים קדמוניות”
עוד בנושא יסוד ישיבת מרכז הרב ותוכנית הלימודים שלה ראה כאן:
- יוחאי רודיק, חיים של יצירה, ישיבת ‘מרכז הרב’ לדורותיה, הגות, חינוך ומעש, חלק ראשון, תרפ”א- תרצ”ה, ירושלים, תשנ”ח,
- הצעת שיתוף הפעולה בין ישיבות מרכז הרב ור’ יצחק אלחנן – הרב ד”ר אופיר כהן בתוך: טללי אורות, ט”ו, תשס”ט, עמ’ 204-185
- ראש ישיבת “מרכז הרב” הנעלם (על הטבריגר זצ”ל) – בתוך “המעין” – טבת תשע”א. והרחבות בגיליון ניסן התשע”א.
- על הלימוד המדעי של הרב הנזיר ויחסו של הרב קוק -הרב ארי שבט, (צוהר לא, טבת תשס”ח)
- “תכנית הלימודים בישיבת מרכז הרב לשנה”ל תרפ”ו”, ‘אורשת’ כרך א, אלקנה-רחובות תש”ע, עמ 1-7